Longtemps ville ecclésiastique sous l'autorité d'un archevêque, Lyon est rattachée au domaine royal en 1320, sous le règne de Philippe le Bel. Cette incorporation s'accompagne d'une nouvelle organisation politique, le Consulat, qui incarne le pouvoir municipal. Celui-ci est désormais composé de consuls, conseillers ou échevins, dont le nombre et le statut varient à travers le temps, ainsi que d'un prévôt des marchands à partir de 1595. Le Consulat existera jusqu'en 1789, date à laquelle il est supprimé par la loi municipale qui crée la commune de Lyon. 

Le service des archives du Consulat est créé dès 1320 : le fonds a donc été conservé depuis cette date dans les lieux successifs du pouvoir municipal.

1. Garde de la ville
- Portes, clés, chaînes (1293-1789) : EE/1-EE/10
- Inventaire des armes et artilleries possédées par la ville (1572-1787) : EE/12
- Inventaire des armes possédées par les habitants (1412-1636 : EE/27-EE/34
- Pennonages (1411-1789) : EE/11, EE/13-EE/26

2. Corps militaires
- Archers, arbalétriers, coulevriniers, francs-archers (1437-1556) : EE/35
- Compagnie des Arquebusiers (1388-1792) : EE/36-EE/40
- Compagnie du guet (1607-1792) : EE/41-EE/45
- Compagnie Suisse (1563-1791) : EE/46

3. Juridiction militaire
- Affaires judiciaires militaires (1611-1779) : EE/47-EE/52

4. Fortifications
- Fortifications de la ville (1347-1783) : EE/53-EE/59
- Compte pour les fortifications de la ville (1464-1515) : EE/60-EE/82
- Forteresse Saint-Sébastien (1551-1714) : EE/83-EE/88

5. Affaires militaires générales
- Police des étrangers de passage (1399-1789 : EE/89
- Armée royale (1452-1789) : EE/90-EE/91
- Administration des divers corps d'armée (1726-1789) : EE/92-EE/93
- Etapes et logements de guerre (1447-1790) : EE/94-EE/95
- Ordre militaire de Saint-Louis (1719-1785) : EE/96
- Délibérations consulaires concernant les Chevaliers de l'Arc en main (1547-1789) : EE/97-EE/99
- Conventions et acquisitions des Chevaliers de l'Arquebuse (1647-1782) : EE/100
- Office militaire (1563-1779) : EE/101
- Pendant les guerres de religion et de la Ligue (1562-1641) : EE/102-EE/106.

Dévolus aux affaires militaires, les 106 dossiers de cette série sont axés sur la défense de Lyon, ville frontière que ce soit par la garde de la milice bourgeoise ou par les murailles et fortifications.

A notre connaissance, aucune élimination n'a été pratiquée et l'ensemble du fonds est conservé à des fins historiques.

Le fonds est clos.

L'ensemble des documents est en libre accès en salle de lecture (microfilms), à l'exception de la cote EE/11 qui est numérisée et directement accessible dans cet inventaire.

Conditions de reproduction selon les conditions générales du service.

Registres et portefeuilles.

L'inventaire numérique et l'inventaire sommaire de la série EE ont été réalisés par Alice Joly (imprimés en 1938) : A. JOLY. Série EE : affaires militaires : inventaire numérique et inventaire sommaire, 1938. [s.l.] : [s.n.]. (1C/650026/SAL).

Archives municipales de Lyon

Toute la série est microfilmée (2MI/95).

Archives municipales de Lyon

- Délibérations municipales (Série BB)

- Impôts et comptabilité (Série CC)

- Affaires militaires (Séries 1200-1230 WP)

- Fichier documentaire manuscrit (100II)

- Périodiques sur la ville de Lyon (Sous-Série 2C)

- Fonds Benoit Vermorel sur l'histoire des fortifications (3II/40)

- Terrains militaires, fortifications (923WP/402).

Archives départementales du Rhône et de la Métropole de Lyon

- Ancien Régime, Administrations provinciales 1391-1790 (Série C)

- Période révolutionnaire, District de Lyon-Ville (2 L 1-155).

- Période contemporaine, Affaires militaires et organismes de temps de guerre (Série R).

Archives municipales de Lyon

M. METTEY-BUNEVOD. Les fortifications de Lyon dans la première moitié du XIXe siècle (1793-1858) - Lyon : [s.n.], 1998 (1II/319/1).

F. DALLEMAGNE - Les défenses de Lyon : enceintes et fortifications, 2nde éd. revue et corrigée, 2010. Lyon : Ed. lyonnaises d'art et d'histoire, Association des amis du musée d'histoire militaire de Lyon et sa région (1C/652006/SAL).

Pour le 16e siècle : M. BOBICHON et Y. MONTMESSIN. En regardant le temps passer... à Lyon au XVIe siècle (d'après le Plan Scénographique de 1550), 2012. [Lyon] : Association Lyon-Cathédrale (1C/652078/SAL)